북한교회재건운동은 일부 비판에도 불구하고 선교적 관점에서 봐야 할 한국 교회의 마지막 사역이라는 주장이 제기됐다.
북한교회재건운동은 조선그리스도교회와 한국 교회 일부에서 식민주의적 사고 또는 나눠먹기식 발상이라는 비판을 받아왔다.

김상복 할렐루야교회 원로목사는 7일 경기도 성남시 야탑동 할렐루야교회에서 열린 변혁한국 콘퍼런스에서
"북한교회재건운동는 예수 그리스도의 지상명령 수행의 차원에서 시작된 것"이라며
"비판을 받고 있는 나눠먹기나 기형적 교회이식 등은 전혀 고려하지 않았다"고 분명히 했다.

김 목사는 "북한교회재건운동은 민족복음화의 일환으로 나왔으며 지난 67년간 한국교회의 가장 중요한 기도제목이었다"며
"북한의 문이 열리면 남한 교회는 협력하여 빠른 시일 내에 북한 복음화를 이루어야 한다"고 말했다.

김 목사에 따르면 북한교회재건운동은 1993년 한국기독교총연합회가 주도적으로 시작했다.
북한의 문이 갑자기 열릴 수도 있다는 전제하에 6·25 전쟁 이전까지 북한에 존재하던 3000개 교회를 복구하고 이를 포함해
북한 전역에 1만5000개의 교회를 세운다는 계획이었다. 연합과 단일, 독립의 3개 원칙을 합의하고 추진해왔다.

김 목사는 "북한교회재건운동에 성경적 선교의 전망이 없으면 불필요한 오해를 일으킬 수 있다"며
"한국교회의 종합적 통일정책을 알리면서 북한동포돕기와 탈북자 구출 운동을 꾸준히 추진해야 한다"고 덧붙였다.

이시영 전 유엔대사도 '평화 통일의 도전'이란 발제에서 "평화통일은 목적이기보다는 민족복음화와 세계선교의 결과가 돼야 한다"며 "남한의 교회들은 회개와 영적 준비를 통해 대비해야 한다"고 말했다.
이날 변혁한국 콘퍼런스에서는 북한교회재건운동을 비롯해 교육(벤토레이), 비즈니스(황성주), 정부(이시영), 가정(박다니엘),
장애인(이민교), 문화·예술(이혜경), 기도운동(오성훈) 등 영역별로 관련 전문가들이 나와 발표했다.

세계변혁운동은 2003년 한국에 전 세계 120명의 기독교 지도자들이 참여해 도출한 것으로
21세기 교회의 사명은 변혁이라는 데 의견을 모은 것이다.
세계적인 선교전략가 루이스 부시 박사와 김상복 목사 등이 이 운동에 앞장서 한국은 2007년부터 18개 영역으로 나눠 추진되고 있다.